Przeszłość naszej szkoły sięga 1900 roku, wtedy właśnie utworzono decyzją Rady Miejskiej i Okręgowej Rady Miejskiej czteroklasową żeńską szkołę, której następnie nadano nazwę Królowej Barbary. Budynek mieścił się przy obecnej ulicy Trudnej 1, w której aktualnie znajduje się Staropolska Szkoła Wyższa.
Pierwszym kierownikiem został Józef Kozłowski. Funkcję swoją sprawował do 1930 roku. Początkowo istniały dwie szkoły: męska imienia Królowej Jadwigi oraz żeńska imienia Królowej Barbary Radziwiłłównej. W roku 1934 nastąpiło połączenie tych szkół.
Znaczący w historii naszej szkoły był rok 1914. Uczono się tylko do 8 września, w tym właśnie dniu wojsko węgierskie zajęło sale szkolne. Zniszczono mapy, książki, obrazy. Naukę rozpoczęto ponownie 1 września 1915 w domu księdza prałata Wilczkiewicza.
Rok szkolny 1918/19 rozpoczął się w terminie. Upłynął on na bieżącym informowaniu o tym, co dzieje się w kraju i spontanicznym udziale w porankach, na których przekazywano ważniejsze wydarzenia dnia. Szkoła wróciła do macierzystego budynku.
12 grudnia 1924 r. placówka stała się siedmioklasową Powszechną Szkołę Żeńską imienia Królowej Barbary.
Ważnym wydarzeniem dla mieszkańców Bochni, a szczególnie dla młodzieży szkolnej, był przejazd przez miasto prezydenta Ignacego Mościckiego, w dniu 14 października 1927 r. Z tej okazji budynek szkoły został udekorowany flagami, kwiatami, dywanami.
W 1934 r. szkoła stała się placówką koedukacyjną liczącą 470 uczniów, w tym 350 dziewcząt i 120 chłopców. Ciekawostką była korespondencja prowadzona przez dzieci z klas szóstych z rówieśnikami z polskich szkół we Francji i w Stanach Zjednoczonych.
Rok szkolny 1939/1940 nie rozpoczął się w terminie, ponieważ sale zajęły wojska niemieckie. Szkoły powszechne rozpoczęły naukę 6 listopada, a nasza mieściła się czasowo w budynku Szkoły nr 3 imienia Świętej Kingi oraz w pomieszczeniach pod kościołem szkolnym. Placówkę musiały opuścić uczennice Żydówki, a od 1 grudnia zostały zwolnione przez okupanta wszystkie nauczycielki mężatki, w tym kierowniczka szkoły Stanisława Piątkowska. W trakcie wojny nauka odbywała się bez podręczników, zabroniono uczenia historii i geografii. W roku szkolnym 1941/ 42 uczniowie wrócili do macierzystego budynku, ale tylko na pierwsze piętro, ponieważ pozostałe sale przeznaczono na magazyny.
1 września 1944r. nauka nie rozpoczęła się. Nauczyciele, jak i uczniowie byli zmuszeni do pracy przy budowie szańców. Dopiero po wyzwoleniu Bochni, po gruntownym remoncie budynku, rozpoczęto edukację 7 lutego 1945r.
W roku szkolnym 1947/1948 utworzono ośmioklasową szkołę podstawową. Pracowano zgodnie z wytycznymi ustroju demokracji ludowej, zgodnie z nimi planowano pracę. Szkoła rozwijała się. Utworzono świetlicę, oddział Polskiego Czerwonego Krzyża, Szkolną Kasę Oszczędności, sieć radiofoniczną, pracownię zajęć technicznych i pracownię fizyczno- chemiczną, działały drużyny zuchowe. Od 1969r. Został aktywowany zespół muzyczny „Gwarek”. Działał on prężnie, a dyrekcji udało się pozyskać dotację w kwocie 100 tysięcy złotych na rzecz jego pracy.
Po ogłoszeniu stanu wojennego, 13 grudnia 1981r., nauka została zawieszona do 3 stycznia 1982r. W latach osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych budynek szkoły był remontowany, m.in. przebudowano schody, wymieniono dach, powiększono pomieszczenia szatni, założono centralne ogrzewanie.
4 września 2000 roku nastąpiło otwarcie nowego budynku szkoły przy ul. Konfederatów Barskich 27, połączone z obchodami stulecia istnienia placówki oraz nadania jej imienia Świętej Barbary.